FHF er et statlig aksjeselskap eid av Nærings- og fiskeridepartementet som finansieres 100% av sjømatnæringen gjennom en FoU-avgift på eksporten av all sjømat på 0,3 %.
Nærings- og fiskeridepartementet er generalforsamling og oppnevner FHFs styre som utgjøres av representanter for næringen. Næringsforankringen er ytterligere forsterket gjennom fire rådgivende faggrupper bestående av aktive aktører i næringen, samt at de fleste prosjekter har oppnevnt referansegrupper bestående av primært næringsaktører.
FHFs overordnede mål er å skape merverdier for sjømatnæringen gjennom næringsrettet forskning og utvikling.
Det krever at FHFs prioriteringer og aktiviteter er godt forankret i næringen, det krever at aktører i næringen er involvert i FHFs aktiviteter og det krever at FHF evner å bidra til at FoU-resultater kan tas i bruk i næringen og bidra til verdiskaping og vekst.
Som statlig AS er FHF underlagt forvaltningslov og offentlighetslov noe som sikrer dokumentasjon og åpenhet rundt FHFs vurderinger, prioriteringer og aktiviteter, og det sikrer offentligheten innsynsrett.
FHF finansierer næringsfinansiert forskning hvilket medfører at sikring av forskningens uavhengighet og hensynet til etiske retningslinjer for forskning må ivaretas. Dette er forankret i FHFs standardvilkår som gjelder alle tilsagnsmottakere av FHF-midler.
FHFs virksomhet og prioriteringer er forankret i lov og forskrift og i overordnede strategier og handlingsplaner.