Prosjektnummer
900731
Hvilke muligheter laksegenomet vil kunne gi laksenæringen i årene som kommer: Utredning
Sekvensen til laksegenomet er nå i ferd med å bli kartlagt. Informasjon om struktur og funksjon til laksegenomet vil ha stor betydning for å løse utfordringene som havbruksnæringen står overfor, men det krever en langsiktig innvestering og strategi for å utnytte denne kunnskapen. Denne evalueringen er en analyse av hvordan informasjonen som ligger i laksegenomet i vid forstand kan brukes best mulig for å videreutvikle norsk havbruksnæring.
Hovedpunkter i evalueringen:
• Målet med kartleggingen av laksens genom har vært å frembringe et høykvalitets referansegenom, slik at en kan vite hvilke gener og derigjennom proteiner laksen har, og bedre legge grunnlaget for å studere hvordan disse genene er organisert, regulert og hvor det finnes genetisk variasjon.
• Sekvenseringen av laksens genom, og kunnskap om uttrykte gen, proteiner og interaksjonen mellom dem (systembiologi) gir grunnlag for å lage bedre verktøy for:
Hovedpunkter i evalueringen:
• Målet med kartleggingen av laksens genom har vært å frembringe et høykvalitets referansegenom, slik at en kan vite hvilke gener og derigjennom proteiner laksen har, og bedre legge grunnlaget for å studere hvordan disse genene er organisert, regulert og hvor det finnes genetisk variasjon.
• Sekvenseringen av laksens genom, og kunnskap om uttrykte gen, proteiner og interaksjonen mellom dem (systembiologi) gir grunnlag for å lage bedre verktøy for:
– mer effektiv avl, ved mere kunnskapsbasert seleksjon for spesifikke egenskaper.
– bedre kontroll med produksjonsbiologi, ved bruk av markører som predikerer fiskens fysiologiske status.
– videreutvikling av fiskeernæring, ved at nye fôrkilder tas i bruk.
– bekjempelse av sykdom og bedre fiskehelse, ved bruk av markører for patogener og immunrespons.
• Laksegenomet vil også være nyttig for akvakulturforvaltningen, bl.a. for å overvåke innslag av rømt laks i ville populasjoner, og for å kartlegge genressursene som fins hos villaksen.
• For å utnytte kunnskapen om laksens genom raskest mulig, vil det være en stor fordel å etablere et nasjonalt rammeverk i form av en forskningsplattform etter modell av sebrafisk (zfin.org).
• En felles forskningsplattform:
– bør utvikle en felles laksebase (“Salmonbase”) der en lagrer og systematiser genaktivitetsdata og kobler disse til genomstruktur, genetiskvariasjon og biologiske prosesser.
– bør bidra til ytterligere å forsterke og videreutvikle forskningsmiljø.
– bør inkludere prosjekter som bruker modellorganismen sebrafisk.
– vil knytte sammen en rekke ulike forskningsprosjekt, og være felles møteplass for forskning, næringen og forvaltning.
• En bør stimulere til å fornye utdanningssektoren innen akvakultur, fiskehelse, fiskeernæring og fiskebiologi til å inkludere fagområder som bioinformatikk og systembiologi.
– bedre kontroll med produksjonsbiologi, ved bruk av markører som predikerer fiskens fysiologiske status.
– videreutvikling av fiskeernæring, ved at nye fôrkilder tas i bruk.
– bekjempelse av sykdom og bedre fiskehelse, ved bruk av markører for patogener og immunrespons.
• Laksegenomet vil også være nyttig for akvakulturforvaltningen, bl.a. for å overvåke innslag av rømt laks i ville populasjoner, og for å kartlegge genressursene som fins hos villaksen.
• For å utnytte kunnskapen om laksens genom raskest mulig, vil det være en stor fordel å etablere et nasjonalt rammeverk i form av en forskningsplattform etter modell av sebrafisk (zfin.org).
• En felles forskningsplattform:
– bør utvikle en felles laksebase (“Salmonbase”) der en lagrer og systematiser genaktivitetsdata og kobler disse til genomstruktur, genetiskvariasjon og biologiske prosesser.
– bør bidra til ytterligere å forsterke og videreutvikle forskningsmiljø.
– bør inkludere prosjekter som bruker modellorganismen sebrafisk.
– vil knytte sammen en rekke ulike forskningsprosjekt, og være felles møteplass for forskning, næringen og forvaltning.
• En bør stimulere til å fornye utdanningssektoren innen akvakultur, fiskehelse, fiskeernæring og fiskebiologi til å inkludere fagområder som bioinformatikk og systembiologi.
-
Sluttrapport: Utredning: Hvordan kan kartleggingen av laksens genom bidra til å løse utfordringene i norsk havbruksnæring?
Institutt for biologi v/Universitetet i Bergen. 1.02.2013. Av Jon Vidar Helvik.
Biologisk forskning og forståelse av biologiske prosesser har i det siste tiåret gjennomgått en dramatisk utvikling ved at en har fått sekvensert og kartlagt oppbygningen av genomene til mange organismer. Norge har i samarbeid med internasjonale aktører sekvensert laksens genom. Dette åpner for nye muligheter, bl.a. en mer detaljert kartlegging av laksens biologi og økt forståelse av sentrale prosesser i lakseproduksjonen, som utvikling, smoltifisering, reproduksjon og sykdom. I tillegg vil økt forståelse av laksens genom være viktig i avlsarbeidet.
FHF har derfor etablert et prosjekt der hensikten er å skaffe laksenæringen en oversikt over hvordan en best mulig kan utnytte laksegenomet.
FHF har derfor etablert et prosjekt der hensikten er å skaffe laksenæringen en oversikt over hvordan en best mulig kan utnytte laksegenomet.
Å skaffe laksenæringen en oversikt over hvordan en best mulig kan utnytte laksegenomet som et verktøy for å løse praktiske utfordringer i lakseproduksjonen – og få fram hvordan laksegenomet kan bidra på ulike områder.
Man forventer at prosjektet vil bidra til at investeringene i genomsekvenseringen raskest mulig kan gi avkastning for oppdrettsnæringen.
Videre forventer en at kunnskap om utnyttelse laksegenomet vil bidra til forbedrete egenskaper som inngår i avlsmålene, forbedret helse, bedre fôrutnyttelse, bedre tilpasninger i miljøet og andre egenskaper.
Videre forventer en at kunnskap om utnyttelse laksegenomet vil bidra til forbedrete egenskaper som inngår i avlsmålene, forbedret helse, bedre fôrutnyttelse, bedre tilpasninger i miljøet og andre egenskaper.
Arbeidet er tenkt gjennomført i perioden 1. april–31. oktober 2012.
Basert på samlinger og diskusjoner i arbeidsgruppen, styringsgruppen og med fagpersoner med spisskompetanse innen ulike fagfelt, vil det utarbeides en rapport med følgende tentative innhold:
• Sekvensering av laksens genom
• Biologiske prosesser
Hvordan sekvens- og genom-informasjonen kan øke forståelsen og bidra til å løse problemer knyttet til:
– Yngelproduksjon og normalutvikling,
– En mer robust smolt
– Produksjonsoptimalisering, vekstoptimalisering og forbedret fôrutnyttelse,
– Produktkvalitet (filetfarge, tekstur, fettinnhold, m.m.)
– Deformiteter
– Styrt kjønnsmodning
– Steril fisk
Basert på samlinger og diskusjoner i arbeidsgruppen, styringsgruppen og med fagpersoner med spisskompetanse innen ulike fagfelt, vil det utarbeides en rapport med følgende tentative innhold:
• Sekvensering av laksens genom
• Biologiske prosesser
Hvordan sekvens- og genom-informasjonen kan øke forståelsen og bidra til å løse problemer knyttet til:
– Yngelproduksjon og normalutvikling,
– En mer robust smolt
– Produksjonsoptimalisering, vekstoptimalisering og forbedret fôrutnyttelse,
– Produktkvalitet (filetfarge, tekstur, fettinnhold, m.m.)
– Deformiteter
– Styrt kjønnsmodning
– Steril fisk
• Sykdom
– Økt resistens mot virussykdommer og bakterier
– Bekjempelse av lakselus, innblikk i hvordan lusegenomet er tenkt utnyttet
• Kartlegging av gener som påvirker økonomisk viktige egenskaper og implementering i praktisk avl
• Modellarter
• Kompetanse
– Hva som trengs av biologisk basiskunnskap for å kunne nyttiggjøre seg funksjonell genomikk innen akvakultur.
– Vitenskapelig metodikk/teknologi/kompetanse som må på plass i havbruksforskningsmiljøene for at forskningsinnsatsen skal bli mest mulig effektiv og oppdatert.
– Hvilken kompetanse næringsaktører bør etterspørre for å kunne utnytte genomet i egen organisasjon.
Sammen med FHF skal det arrangeres en sluttsamling for norske aktører som vil kunne nyttiggjøre seg av rapporten.
Organisering
Ansvarlig organisasjon var Institutt for biologi ved Universitetet i Bergen.
– Økt resistens mot virussykdommer og bakterier
– Bekjempelse av lakselus, innblikk i hvordan lusegenomet er tenkt utnyttet
• Kartlegging av gener som påvirker økonomisk viktige egenskaper og implementering i praktisk avl
• Modellarter
• Kompetanse
– Hva som trengs av biologisk basiskunnskap for å kunne nyttiggjøre seg funksjonell genomikk innen akvakultur.
– Vitenskapelig metodikk/teknologi/kompetanse som må på plass i havbruksforskningsmiljøene for at forskningsinnsatsen skal bli mest mulig effektiv og oppdatert.
– Hvilken kompetanse næringsaktører bør etterspørre for å kunne utnytte genomet i egen organisasjon.
Sammen med FHF skal det arrangeres en sluttsamling for norske aktører som vil kunne nyttiggjøre seg av rapporten.
Organisering
Ansvarlig organisasjon var Institutt for biologi ved Universitetet i Bergen.
Arbeidsgruppen leverer en rapport på norsk, med grundig oppsummering på engelsk. Rapporten vil bli fremlagt i en sluttsamling for norske aktører som har interesse for bruk av genom-informasjon i lakseoppdrett.